グレートウォー	約900万年前からユニクロン戦争までを総称してグレートウォーと呼ぶ。大戦末期に登場したプリマクロン製作のユニクロン破壊により、サイバトロンは念願のセイバートロ星奪還を果たしている。
2010戦争	コンボイが倒れ、サイバトロンに新司令官としてロディマスコンボイが、デストロンにはメガトロンが強化再生されたガルバトロンが参戦。コンボイが復活した宇宙ペスト事件までを、この戦争の区切りとしている。
リバース戦争	歴戦の戦士や兵士の活躍、新戦力の参戦が目立つ戦争。復活したコンボイだったがベクターシグマの暴走を止めるために命を犠牲にし、マトリクスの導きでロディマスは戦争のない世界を築くために旅に出て、後任はフォートレスが着任。デストロンサイドではセイバートロン星の爆発に巻き込まれたかに見えたガルバトロンが復活するも、地球の氷海にて行方不明。スコルポノックがそのトランステクターを開発し、恐怖大帝メガザラックとして台頭を表す。しかし地球爆破計画に失敗、デストロンは地球圏を後にし、サイバトロンもわずかな駐留部隊を残して地球を去る。
マスターフォース戦争	コンボイの新たなボディとなるはずだったトランステクターを地球人の青年ジンライが譲り受け、デストロン四天王デビルZと戦う。フォートレスの弟グランドマキシマスや、デビルZがスコルポノックを洗脳したブラックザラックが参戦する。最後にはデビルZがブラックザラックの体を乗っ取り、ゴッドジンライと対峙。サイバトロンの勝利に終わる。
ビクトリー戦争	新たに戦線に加わったブレインマスターとマルチ戦隊、デストロン側にはブレストフォースと恐竜戦隊を加えた戦乱を指す。第二方面軍司令官ゴッドジンライが戦死し、スターセイバーのパワーアップに力を貸す。50万年前、スターセイバーの手で暗黒星雲に封印された要塞をデスザラスが復活させ、地球人の少年ジャンが駆るイルミナ�Uによって破壊される。
シルバルト戦役	デストロン宇宙海賊と、サイバトロン警備隊の戦乱。記録には残されていないが、本来一人のトランスフォーマーであったシックスショットとグレートショットが再び一つとなり、シックス一族第二王子シックスカイザーとして参戦している。双方全滅で、シックスカイザーも行方不明となる。
ゾーン戦争	デスザラスが復讐に燃え上がり、暗黒大帝として復帰。しかしダイアトラスによってその野望はついえ、新破壊大帝バイオレンジャイガーによって殺害。デストロンに九大魔将軍の参戦、ゾディアックを巡って戦火は広がるが、ダイアトラスらパワードマスターの力によって撃退。セイバートロン星が復活する。
リターンオブコンボイ	復活したベクターシグマの命で、奪われたコンボイの遺体回収作戦をダイアトラスが敢行。復活した要塞参謀ガルバトロンの邪魔立てが入るが、コンボイはスターコンボイとして復活。ロディマスが帰還し、マトリクスはスターコンボイの手へ。ガルバトロンかつての参謀を集め、九大参謀総長を結成。しかし大帝王ダークノヴァの出現により、スーパーメガトロンへと強化。さらに体を乗っ取られ、ウルトラメガトロンとしてスターコンボイと対決。メガトロンはダークノヴァの支配を振りほどき、行方不明となる。
合体大作戦	シックスライナーが、第一方面軍司令官に就任。ロディマスは強化改造を受け、サンダーロディマスコンボイとして転生。デストロンには最後の四天王・大総統スクラッシュが出現する。ランドクロスらの参戦で風雲急を告げるが、ベガ星にゾディアックが眠る事を知る両軍。戦火は、地球からセイバートロン星へ。ゾディアックを奪取して惑星乗っ取りを企むスクラッシュだが、サイバトロンの前に敗北、行方不明となる。
英雄大決戦	デストロン四天王が倒れた後、アクトロンが破壊大帝に就任。サイバトロンには独立攻撃部隊レッカーズに所属していた、ライトフォーマー・ガイアがガイアコンボイとして宇宙の平和を守っていた。そんな折、ゾディアックをビースト星で発見、両軍入り乱れての争奪戦の末、ガイアコンボイの手に。業を煮やしたアクトロンは、あの憎悪の源たる宇宙ペストを解放。ガイアコンボイは、ゾディアックの力でこれを撃退する。
G-2戦争	ダークマターの力を得た、ダークネスメガトロンが復活。コンボイもマトリクスの力により進化、ナイトコンボイとして台頭する。さらにサイバトロン、デストロン双方を全滅させようとジアクサス・ドレッドウィングが参戦。かねてよりの情報でアセニア星のゾディアックを巡り、熾烈な戦いとなる。コンボイとメガトロンは力を合わせて、ジアクサスを撃退。和平協定を結ぶ。
シックス一族の逆襲	宇宙誕生に関わった五つのゾディアックが揃い、各軍のミリタリーバランスは均衡を保つ。そんな中、シックス一族の王が復活。全てのトランスフォーマーに復讐を誓い、全軍に攻撃をしかけた。コンボイ、メガトロン、スクラッシュ、ドレッドウィング、シックスカイザーはゾディアックの力で王を撃退。ゾディアックは戦いを拒み、遥かかなたに消え、数百万年に及ぶ戦争は終結した。
ビーストウォーズ	プレダコンズ二代目メガトロンが、ゴールデンディスクを奪ってクーデターを起こす。惑星探査に出ていた二代目コンボイはその後を追い、タイムスリップして辺境の惑星に不時着。ヴォークの惑星破壊プログラムを撃破するが、クォンタムサージでメタルス戦士となる。そして辺境の惑星と思われていた惑星エネルゴアは、400万年前の地球と判明。メガトロンはサイバトロンの戦艦アークの中に眠る初代コンボイを破壊。修復のためにコンボイは、初代コンボイのスパークと融合、パワードコンボイとなる。メガトロンも初代メガトロンのスパークと融合、ドラゴンメガトロンになって執拗にアークに攻撃をしかける。メガトロンは地球に不時着していた戦艦ネメシスを復活させ、アークと対決。失敗に終わりセイバートロン星に帰還する。
第二次グレートウォー	ライオコンボイが総司令官に就任。デストロンでは破壊大帝ガルバトロンの機甲軍団が台頭し、惑星ガイアのアンゴルモアエネルギー略奪作戦を敢行。要塞惑星ネメシスを使ってアンゴルモアエネルギーを奪取しようとするが失敗。アンゴルモアエネルギーは宇宙に四散し、ライオコンボイ、ガルバトロンともに行方不明となる。サイバトロン本部からアンゴルモアエネルギー回収の任を受けた総司令官ビッグコンボイと訓練兵は、破壊大帝マグマトロンと対決しながら作業を進める。しかしユニクロン配下のテラートロンにより、全てのエネルギーはユニクロンのものとなる。かくして第二次グレートウォーが開戦し、ユニクロンはベクターシグマごとセイバートロン星を乗っ取ろうとするが、ビッグコンボイの手により失敗する。
次元戦争	デストロン精鋭部隊デストロンガーが、次元を越えて21世紀初頭の地球に飛来。ファイヤーコンボイ率いるサイバトロン次元パトロール隊も後を追い、撃退しようと奮闘する。デストロンは、かつて地球に封印された巨大戦艦ブレイブマキシマスを復活させようとするが失敗。マトリクス・ウェポンのゴッドファイヤーソードの前に敗れる。
マイクロン伝説	400万年前、セイバートロン星の戦火から逃れた、マイクロンが乗る戦艦。地球21世紀、彼等が復活し、サイバトロン、デストロン双方に参戦する。マイクロン三神器を手に入れたデストロンはセイバートロン星支配に乗り出すが、ユニクロンの出現でサイバトロンと共闘、ユニクロンは機能停止する。しかしメガトロンは戦闘を好むコンボイの心の奥を見抜き、決闘をする。激しい戦闘の末、コンボイは勝利、メガトロンはユニクロンの体内で深い眠りにつく。
スーパーリンク戦争